恐龙战队第三季

幽冥女王之兄来袭，金刚战士失去超异能

幽冥女王的兄长阿达武士加入了侵略地球的队伍，以压倒性的力量击败了金刚战士。他摧毁了大连王与战斗白虎，指挥中心也在激战中严重损毁。金刚战士因此失去了超异能，陷入前所未有的困境。宙威利用指挥中心残余的能量，将失去超异能的战士们送往忍者神庙，要他们去寻找能够制造超异能硬币的忍者战士。尽管途中遭到阿达武士派遣的食人鸟追击，战士们依然成功抵达神庙，获得了新的超异能，并多了忍者装扮的变身形态，以及忍者机械兽。

无敌战将争夺战，暗月宫潜入夺回硬币

后来，巴布猴、怪头陀与鱼匠人等人寻获了失落已久的无敌战将。玄冥大帝等人遂夺走小晴的超异能硬币与大明的战斗鹰，企图要挟金刚战士替自己驾驶无敌战将征服地球。大明只得潜入暗月宫内，于千钧一发之际夺回硬币与战斗鹰。与此同时，比利在操纵无敌战将时成功将控制权夺来，令玄冥大帝的企图彻底失败，也让金刚战士多了五架新的生力军。

粉红战士更替，终极魔王逆转时间

小晴为了追求理想，决定离开队伍参加体操大赛训练。原先遭幽冥女王下咒、企图谋害金刚战士的凯特，在破除魔咒后取代她成为新的粉红战士。但过没多久，幽冥女王的父亲终极魔王发动魔法将时间倒转，令金刚战士全回到童年时期，因此失去了超异能。为了抵御侵略，宙威自水柔星请来了外星战士，第三季就此进入特别篇。

寻找奇奥水晶，金刚战士历史划下句点

至于变回儿童的各战士，除了比利透过机器很快恢复之外，其余人则到各地寻找奇奥水晶的碎片，希望将之收集后发动魔力令地球恢复原状。而伊莎到非洲寻找水晶时，意外与远亲相逢，从此留在当地，由表姐唐娜带着水晶回到美国。但当水晶凑齐让地球复原后，天狼将军与阿达却闯入指挥中心窃走水晶并炸毁该处。金刚战士的历史就此划下句点，《异星战士》的故事随之开始。